Emily debuttò nel 1994 nel film Può succedere anche a te, con Nicolas Cage e Bridget Fonda. Seguirono apparizioni in diverse serie tv, tra cui #Law & Order: SVU e Crossing Jordan, e una piccola parte nel film Spider-Man 2.
Nel 2005 l'attrice venne scelta per il ruolo di #Temperance Brennan nella nuova serie tv #Bones, al fianco di David Boreanaz. E' l'inizio di un grande successo. Dal 2006 la serie ha ottenuto moltissime candidature agli Emmy Awards, ai Teen Choice Awards, e nel 2012 la testata BuddyTV ha incluso Bones tra le dieci migliori serie TV di 20th Century Fox.
Emily è sempre stata molto riservata in merito alla sua vita privata: nel 2010 l'attrice ha sposato l’attore David Hornsby (da cui ha avuto due figli) con una cerimonia privata.
In diverse interviste ha rivelato che il suo sogno da bambina era fare l'architetto, ma la famiglia Deschanel era destinata ad una carriera nel mondo dello spettacolo: sua sorella, Zooey Deschanel, ha seguito le orme di Emily conquistando la notorierà come protagonista di #New Girl, in onda su FoxComedy con la nuova stagione.
Una cosa è certa: Emily riesce ad essere elegante in ogni occasione pubblica. In questa gallery, una carrellata dei suoi outfit da Red Carpet.
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